Es difícil en estos casos descubrir los orígenes y baklava no es una excepción. Se cree que los asirios, alrededor del siglo VIII A.C., fueron los primeros en juntar unas capas finas de masa de pan con nueces picadas, añadiendo miel y horneándola en sus primitivos hornos de leña. Esta versión más antigua conocida de baklava sólo se hizo para ocasiones especiales. Se consideraba un postre exclusivo para los ricos, al menos hasta mediados del siglo XIX.

Los marineros y mercaderes griegos que pasaban por Mesopotamia se dejaron conquistar por el dulce sabor de este exquisito postre, que importaron junto con su receta.

A partir del siglo III a.C., Baklava también se hizo y sirvió en Grecia. Se atribuye a los griegos una mejora significativa de la receta original al crear una innovadora técnica de amasado que hacía la masa considerablemente más fina que la doble capa de la masa asiria. Esto es masa de hojaldre, que significa hoja en griego, en referencia a lo increíblemente delgada que era.

Cuando el Imperio Otomano comenzó a consolidar su hegemonía en el Medio Oriente en el siglo XV d.C., llegó a abarcar muchas regiones y muchos pueblos, como turcos, árabes, judíos, griegos y armenios. Es durante esta fase que la historia de Baklava se enriquece: cada pueblo probablemente influyó o modificó la receta durante la dominación otomana. A lo largo de las rutas de las especias y la seda, se empezaron a añadir nuevos ingredientes al postre. Los árabes prefirieron enriquecerla con agua de rosas y cardamomo, y los armenios con clavo y canela. Los confiteros serbios, por otro lado, se hicieron famosos por crear un Baklava que consistía en más de 100 capas de pastelería.